Le Conseil de laboratoire est composé à parité de PR et de MCF. Les 3 pôles ont chacun un.e PR titulaire et un.e PR suppléant.e, ainsi qu'un.e MCF titulaire et un.e MCF suppléant.e. Les projets transversaux sont coordonnés par trois ou quatre membres de l'équipe issues des 3 pôles. Les doctorant.e.s disposent de quatre représentant.e.s (deux titulaires et deux suppléant.e.s). Le directeur ou la directrice est élu-e en Conseil de laboratoire, par vote à bulletin secret. 

Les mandats du Conseil de laboratoire sont de deux ans renouvelables. Il n'est pas possible de cumuler deux représentations (1 pôle + coordination de projets transversaux). Chaque départ (retraite, nomination dans une autre université) est remplacé, lors d'une élection complémentaire en Assemblée Générale (AG).  Tous les membres du Conseil de laboratoire sont élus en AG.

L'Assemblée Générale (AG) est composée de tous les membres titulaires de CREW (y compris doctorant.e.s). Elle se réunit une fois par an. Le Conseil de laboratoire se réunit 3 ou 4 fois par an selon les besoins. Un compte-rendu, approuvé par les présents, est envoyé après chaque séance. Le  bureau (composé des directeurs de pôles et le coordinateur principal des projets transveraux) se réunit pour traiter de questions mineures, préparer des documents, répondre à des sollicitations urgentes d'ordre administratif.

Le Conseil de laboratoire a pour rôle de connaître la politique scientifique des pôles et des projets transversaux (partage de l'information) ; il a vocation à répartir le budget de manière transparente (budget prévisionnel et clôture des comptes de l'année antérieure) ; il examine les projets transversaux, les propositions de colloques et de journées d'étude ; il répond aux demandes extérieures (Commission de la Recherche de l'Université).