Ses premiers films sont marqués par l’expression des désirs homosexuels puis l’épidémie du Sida l’amène, à partir des années 1980, à réorienter son travail : il filme dès lors ce qu’il advient de la « communauté de pédés, de pauvres, de toxicos » décimée par la maladie mais aussi mobilisée par la lutte. En 1991, Lionel Soukaz s’empare de la vidéo, légère et peu coûteuse, et initie son Journal Annales, œuvre monumentale de plus de 2 000 heures dans laquelle il saisit son quotidien, les manifestations publiques comme son intimité.
Au début des années 2000, ses premiers films sont redécouverts grâce à la rétrospective « Jeune, dure et pure ! » organisée par la Cinémathèque française. Il est alors reconnu pour la qualité de ses expérimentations esthétiques et ses films sont présentés comme un emblème du cinéma d’avant-garde de son époque. Tandis que Lionel Soukaz continue, « en artisan », d’explorer les matériaux argentiques et vidéo, des démarches de sauvegarde sont engagées par des institutions patrimoniales : les films qu’il a tournés en 16 mm dans les années 1970 sont restaurés par les Archives françaises du film et la Bibliothèque nationale de France a récemment entrepris la numérisation de son Journal Annales.