Le Collège doctoral a pour mission la mise en commun des activités relatives à la coordination pédagogique et administrative des écoles doctorales. C'est le lieu de discussion sur l'ensemble des questions relatives aux écoles doctorales, à la thèse et à la formation doctorale. Le collège doctoral approuve les demandes de cotutelle et attribue les bourses destinées à faciliter le déplacement des doctorants à l'étranger.