L'école doctorale est dirigée par un directeur assisté d'un conseil. Il est nommé pour la durée de l'accréditation de l'école doctorale. Son mandat peut être renouvelé sans excéder huit ans.

Le conseil de l'école doctorale adopte le programme d'actions de l'école doctorale et gère, par ses délibérations, les affaires qui relèvent de l'école doctorale : son organisation ; son fonctionnement pédagogique ; l'attribution des aides financières à la mobilité ; l'attribution des allocations de recherche ainsi que les modalités de choix des bénéficiaires des allocations ; le dispositif de suivi des doctorants. Il veille au respect des principes de la charte des thèses de l'établissement.

Le conseil comprend de douze à vingt-six membres. La moitié de ses membres sont des représentants des établissements, des unités ou équipes de recherche concernés dont un représentant des personnels ingénieurs, administratifs, techniciens, ouvriers et de service. L'autre moitié est composée, à hauteur de 20 % du total des membres du conseil, arrondi s'il y a lieu à l'unité inférieure, de doctorants appartenant à l'école doctorale élus par leurs pairs ; elle est complétée par des membres extérieurs à l'école doctorale choisis, à parts égales, parmi les personnalités françaises et étrangères compétentes, dans les domaines scientifiques d'une part, et dans les secteurs industriels et socio-économiques concernés d'autre part. Les membres du conseil autres que les doctorants sont désignés suivant des modalités adoptées par le conseil d'administration de l'établissement ou des établissements concernés par l'accréditation.