Le Conseil de laboratoire est composé à parité de PR et de MCF. Les 3 centres (CRAN, CREC, CERVEPAS) ont chacun un PR titulaire et un PR suppléant ainsi qu'un MCF titulaire et un MCF suppléant. Les 3 axes ont chacun un PR titulaire et un MCF titulaire. Les doctorants ont deux représentants par centre (1 titulaire et 1 suppléant). Le directeur ou la directrice est élu en Conseil de laboratoire, par vote à bulletin secret.

Les mandats du Conseil de laboratoire sont de deux ans renouvelables. Il n'est pas possible de cumuler deux représentations (1 centre + 1 axe). Chaque départ (retraite, nomination dans une autre université) est remplacé, lors d'une élection complémentaire en Assemblée Générale (AG).  Tous les membres du Conseil de laboratoire sont élus en AG, par vote à bulletin secret.

L'Assemblée Générale est composée de tous les membres de CREW (y compris doctorants). Elle se réunit une fois par an. Le Conseil de laboratoire se réunit en moyenne 3 fois par an. Un compte-rendu est envoyé après chaque séance et approuvé à la séance suivante. Le  bureau (composé des directeurs de centres et axes) se réunit pour traiter de questions mineures, préparer des documents, répondre à des sollicitations urgentes d'ordre administratif.

Le Conseil de laboratoire a pour rôle de connaître la politique scientifique des centres et des axes (partage de l'information) ; il a vocation à répartir le budget de manière transparente (budget prévisionnel et clôture des comptes de l'année antérieure) ; il examine les projets transversaux, les propositions de colloques et de journées d'étude ; il répond aux demandes extérieures (conseil scientifique de l'université).