Le conseil de l'ED est composé de vingt-six membres, il se réunit au moins trois fois par an à l'initiave du directeur de l'ED. Le conseil de l'ED travaille en concertation avec le Conseil scientifique et le Collège des ED. Il détermine la politique scientifique de l'ED, il adopte son programme d'action et délibère sur toutes les affaires relatives l'ED.

Le conseil de l'ED statue sur les conditions d'inscription en doctorat ainsi que sur les équivalences du diplôme national de master et la validation des acquis. Il examine les demandes d'inscription dérogatoire. Le conseil de l'ED propose au Conseil scientifique le nombre maximum de doctorants pouvant être encadrés par un directeur de thèse, dans les champs disciplinaires correspondant à la thématique de l'école. Il décide de la procédure à mettre en œuvre pour l'attribution des allocations et bourses de recherche.