Organisée autour de 5 écoles doctorales, la structure scientifique de l'université comprend 30 unités de recherche. Les axes de recherche sont marqués par l'ouverture à l'international et l'interdisciplinarité : projets transversaux et fédérateurs, coopération scientifique bilatérale ou multipartite, mobilité des chercheurs.

ED 120 - Littérature française et comparée

• EA 172 - Centre d'Études et de Recherches Comparatistes (CERC)
• EA 173 - Centre d'Études du Moyen Âge (CEMA)
• EA 174 - Formes et idées de la Renaissance aux Lumières
• EA 3423 - Centre de Recherches sur les Poétiques du XIXe siècle (CRP19)
• EA 4400 - Écritures de la modernité, littérature et sciences humaines (EA Conventionnée CNRS)

ED 122 - Europe latine - Amérique latine

• EA 2052 - Centre de Recherche Interuniversitaire sur l'Amérique Latine (CRIAL)
• EA 2292 - Centre de Recherche sur l'Espagne Contemporaine XVIIIe - XIXe - XXe siècles (CREC)
• EA 3417 - Centre d'Études et de Recherche sur la Littérature Italienne Médiévale, Moderne et Contemporaine (CERLIMMC)
• EA 3421 - Centre de Recherches sur les Pays Lusophones (CREPAL)
• EA 3979 - Les cultures de l'Europe Méditerranéenne Occidentale (LECEMO)
• UMR 7227 - Centre de Recherche et de Documentation sur les Amériques (CREDA)

ED 267 - Arts & Médias

• EA 1484 - Communication, Information, Médias (CIM)
• EA 185 - Institut de recherche sur le cinéma et l'audiovisuel (IRCAV)
• EA 3959 - Institut de Recherches en Etudes Théâtrales (IRET)
• UMR 7172 - Atelier de Recherche sur l'Intermédialité et les Arts du Spectacle (ARIAS)
• UMR 8070 - Centre de Recherches sur les liens sociaux (CERLIS)

ED 268 -   Langage et langues : description, théorisation, transmission

• EA 1483 - Recherche sur le Français Contemporain (RFC)
• EA 170 - Langues romanes : Acquisition, Linguistique, Didactique
• EA 1734 - Centre des Etudes Arabes (CEA)
• EA 2288 - Didactique des langues, des textes et des cultures (DILTEC)
• EA 2290 - Systèmes Linguistiques, Énonciation et Discursivité (SYLED)
• Fédération CLESTHIA
• UMR 8094 - Langues, Textes, Traitements informatiques, Cognition (LATTICE)
• UMR 7018 - Laboratoire de phonétique et phonologie (LPP)
• UMR 7107 - Langues et Civilisations à Tradition Orale (LACITO)
• UMR 7528 - Mondes iranien et indien
• UMR 7597 - Histoire des théories linguistiques (HTL)

ED 514 - EDEAGE - Etudes Anglophones, Germanophones et Européennes

• EA 2291 - Intégration et Coopération dans l'Espace Européen (ICEE) Etudes Européennes
• EA 4223 - Centre d'études et de recherches sur l'espace germanophone (CEREG)
• EA 4398 - Langues, Textes, Arts et Cultures du Monde Anglophone (PRISMES)
• EA 4399 - Center for Research on the English-Speaking World (CREW)